Créé à partir de 1860, à l’époque du Second empire colonial, il servait de lieu de quarantenaire pour les indiens et autres engagés arrivant sur l’île (qui était encore une colonie à l’époque). Ces lieux furent des lieux d’isolements afin d’éviter la propagation d’épidémies sur le territoire.

Aujourd’hui le Lazaret de la Grande Chaloupe est un lieu de visite (exposition engagisme et quarantaine…) et est considéré comme un monument historique.